室戸市と麻布大学がイルカ介在療法研究のために開設した施設をベースに、2006年4月に特定NPO法人室戸ドルフィンプロジェクトが開業した。
イルカとの遊泳体験が人気で、2018年にむろと廃校水族館がオープンした折には、年間で約3万人が訪れていた。
2020年、新型コロナウイルス感染症の対策によって臨時休業を迫られ、資金繰りが悪化。同年9月に室戸ドルフィンプロジェクトが指定管理者から撤退。その後、香川県さぬき市や和歌山県太地町のドルフィンリゾートでイルカとのふれあい事業を行う株式会社日本ドルフィンセンターが指定管理者となり、運営を継続している。