1894(明治27)年に創業した軽井沢の老舗ホテル。創業時は「亀屋ホテル」という名称であり、その名の通り前身は1764(明和元)年に佐藤万右衛門が旧軽井沢銀座(現在の軽井沢郵便局付近)に開業した「亀屋」という旅籠である。
佐藤万右衛門から数えて9代目にあたる佐藤万平(万平ホテル初代)が亀屋の主人を務める時代に、軽井沢を日本の代表的な避暑地として世界に向け紹介した聖公会宣教師アレキサンダー・クロフト・ショーと、その友人である東京帝国大学英語教師ジェームズ・メイン・ディクソンが亀屋を訪れたことがきっかけとなって、外国人に応対する技術や生活習慣を学び、それを反映させて、二代目万平である娘婿・国三郎が軽井沢に戻ったのを機に、亀屋を欧米風ホテルに改装。「亀屋ホテル」となる。1896(明治29)年に「萬平ホテル」へ改名。
1902(明治35)年にそれまでの旧軽井沢銀座から、現在の場所である桜の沢に移転。
1919(大正8)年、佐藤国三郎が二代目万平を襲名し、日本館(現在の熊魚菴たん熊北店)を移設増築し、和洋室を備えたホテルとなった。
現在の本館、アルプス館は1936(昭和11)年に完成したもので、このときに「萬平ホテル」から「万平ホテル」へと改名している。
1945(昭和20)年に終戦を迎えると、米国陸軍第八軍に接収され、GHQの要請で冬季営業が可能なように改造が加えられる。以後数年は米軍将校向け宿泊基地として機能していたが、1952(昭和27)年に接収解除となり、通常営業を再開。
現在に至るまで欅館(現在の別館)や浅間館(会議室・桜の間)の新築、愛宕館の改築などが行われるなど、常に進化を遂げてきた。
数多くの著名人に愛され、宿泊客として迎えてきたが、特にジョン・レノンは1976(昭和51)年から亡くなる前年の1979(昭和54)年まで、毎年夏にアルプス館に宿泊していたことで知られる。
アルプス館は近代化産業遺産として登録されているほか、国の登録有形文化財としての登録もされている。
カフェテラスでいただくことのできる「伝統のアップルパイ」は信州産りんごをたっぷりと使って作られており、ジョン・レノンが愛したメニューとして知られ、多くの人がこれを目的に訪れている。