神奈川県足柄下郡箱根町元箱根にある神社で、旧社格は国弊小社。
御祭神は箱根大神とされているが、これは瓊瓊杵尊、木花咲耶姫命、彦火火出見尊の3柱の総称である。奥宮となる箱根元宮には造化三神として天之御中主神、高皇産巣日之神、神皇産巣日之神が祀られる。
創祀は1191年に成立した『筥根山縁起并序』に拠れば、第5代孝昭天皇の御代とされる。聖占仙人が箱根山の駒ケ岳に神仙宮を開き、同主峰の神山を神体山として祀って以来、関東における山岳信仰の一大霊場になったという。
757(天平宝字元)年、箱根山に入峰した万巻上人が、箱根大神の御神託を授かり、勅願をもって現在の地に社殿を建立。「箱根三所権現(箱根権現)」と号し、修験道と習合し朝野の信仰を集めた。
古来より関東総鎮守箱根大権現と尊崇されており、鎌倉時代には源頼朝が深く信仰し、二所詣を創始し、鎌倉幕府歴代将軍の参詣は幕府の恒例行事として組み込まれ、鎌倉幕府の祈願所として尊崇された。同時に執権北条氏の信仰も篤く、『御成敗式目』では日本第一の起請の社として神威を高め、その名声を博した。
室町時代には関東公方足利氏、北条早雲、氏綱、氏康、氏政、氏直の北条五代、徳川家康から敬仰され、部門からの崇敬が篤い神社として栄えた。
1594(文禄3)年に神領200石が徳川家康から寄進され、1612(慶長17)年には大規模な社殿造営も行われ、1618(元和4)年には東海道が整備されたことで箱根宿や関所が設置されたことにより、東西交通の要としてますます盛んになり、庶民信仰の聖地へと変貌。
明治の初年に神仏分離令が発令されたことで、関東総鎮守箱根大権現から箱根神社へと改称された。
現在は年間2000万人を超える国内外の観光客が訪れている。
なお、近隣にある九頭龍神社の御祭神である九頭龍大神は、その位置づけが箱根大神の眷属とされている。このことから2000(平成12)年に九頭龍神社の新宮が箱根神社の境内社として、拝殿に隣接されるかたちで建立されている。